Sa carrière de journaliste débute en 2000 après une période passée à travailler pour des institutions culturelles à New York, puis à Hong Kong. D’abord au sein de la revue Les Cahiers du cinéma où elle couvre l’économie du cinéma et la politique culturelle (sous le pseudonyme Anne Ballylinch). Puis au quotidien Le Monde, dont elle intègre la rédaction en 2002. Après quinze années passées au sein de la rubrique cinéma, à exercer une activité de critique, elle se voit confier la rubrique architecture et patrimoine du journal. Isabelle Regnier est l’autrice de deux documentaires, La Rue est à eux (2010) et Pièce Montée (2012). Lauréate du prix de la critique de l’Académie d’architecture en 2019, elle a contribué à plusieurs ouvrages : Jacques Rozier, le Funambule (Cahiers du cinéma, 2001), Elles construisent, portraits d’architectes franciliennes (Maison de l’architecture d’Ile-de-France, 2024), La Fondation danoise : Kaj Gottlob (Still, 2025). Elle enseigne par ailleurs, dans le cadre du master Arts à l’Ecole Nationale Supérieure et du master de journalisme culturel de la Sorbonne Nouvelle.

À l’intersection de la maîtrise d’œuvre et de la recherche, elle explore les dynamiques sociales, politiques et économiques qui façonnent les territoires et leurs architectures. Son travail sur des sites complexes comprend le centre culturel Swann Arr au Myanmar, le centre d’art pour réfugiés Globe Aroma à Bruxelles, et une future mosquée à Paris. Elle enseigne actuellement à l’École d’Architecture Paris-Malaquais – PSL (FR) et à la Harvard Graduate School of Design (USA). Ses projets ont été présentés à la Biennale de Venise, la Biennale de Lagos, la Biennale d’Istanbul, au musée du MAXXI et à la Triennale d’Oslo. Régulièrement distinguée, elle reçoit en 2020 le prix Europe 40 Under 40, décerné par le Centre Européen d’Architecture et le Chicago Athenaeum. En 2023, AMC la reconnaît parmi les figures féminines émergentes de la profession. En 2025, Le Monde la désigne comme l’une des personnalités à suivre dans le monde de la culture.

Elle vit entre Tanger et Paris où elle suit des études d'économie à Paris, obtient un DEA d'Histoire et de Civilisation de la Méditerranée puis prépare une thèse à l'Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales. 

Elle réalise ses premiers documentaires dans les années 2000 avec des films très remarqués (Tanger le rêve des Brûleurs, en 2002, sur les candidats à l'émigration vers l'Europe, D'ici et d'ailleurs, documentaire sur la mémoire industrielle en France, ainsi que Nos lieux interdits en 2008) avant de réaliser Sur la planche, son premier long métrage de fiction.